在真核细胞中进行蛋白质翻译时，体外转录的mRNA必须加帽并具有polyA尾。衡量加帽率的黄金标准技术之一是使用生物素标记的DNA探针与近5’端mRNA的杂交RNA进行RNase H消化，随后进行纯化和质谱分析。类似的分析也可用于衡量polyA的长度。然而，这些基于液相色谱-质谱（LC-MS）的方法成本高昂且操作复杂。宜明生物独创的基于DNA酶的高分辨率毛细管电泳法，可快速准确地估算mRNA的加帽率和polyA尾的长度。

基于DNA酶的毛细管电泳法分析mRNA加帽和polyA尾的原理示意图

首先，根据mRNA两端附近的候选序列（通常在5’非翻译区（5’-UTR）和3’非翻译区（3’-UTR）内）筛选位点特异性DNA酶。具有足够切割活性的选定DNA酶会在mRNA两端附近切割mRNA，产生5’端带帽或不带帽的小片段，或3’端带有不同长度polyA尾的片段。

随后，DNase I处理以消化DNA酶，并在通过高分辨率毛细管电泳（CE）分析前对所得RNA片段进行纯化，该电泳可区分具有最小1个核苷酸（nt）差异的RNA片段。

加帽的mRNA将产生比未加帽的mRNA长1~2个nt的CE峰。5’端较长峰与较短峰的比率可用于估算mRNA的加帽率。另一方面，通过计算3’端切割片段的长度，并减去切割位点与polyA尾之间序列的长度，可以计算出polyA尾的长度范围。

基于DNA酶的高分辨率毛细管电泳是一种廉价、易用且准确的方法，可用于mRNA质量控制，包括加帽率和polyA尾长度的评估。

1-基于毛细管电泳，较之传统质谱法成本更低

比液相色谱-质谱（LC-MS）便宜得多，使其能够被更广泛的研究人员和机构所使用。不需要专门的LC-MS知识和昂贵的设备即可进行操作。

2-检测快速，可准确定量 

节省时间，因为整个过程可以在2~3小时内完成。可以同时在一个反应中分析加帽效率和polyA尾部长度（为mRNA的每个末端混合两种DNA酶）。